①原核细胞没有细胞器膜和核膜，因此不具有生物膜系统，①错误；
②ATP是所有细胞生命活动的直接能源物质，属于细胞的共性，②正确；
③所有细胞都具有蛋白质合成的机器-核糖体，属于细胞的共性，③正确；
④所有细胞都含有DNA，DNA中脱氧核糖核苷酸的排列顺序储存着遗传信息，④正确；
⑤由于密码子有简并性，故编码某一种氨基酸的密码子不一定相同，⑤错误；
⑥细胞是最基本的生命系统，是生物体结构和功能的基本单位，因此所有生物的新陈代谢都是以细胞为单位进行的，是细胞基本共性，⑥正确．
故选：B．
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