A． 分子中含有甲基，甲基具有甲烷的结构特点，因此所有原子不可能处于同一平面上，故A错误；
B．氨基酸生成二肽，就是两个氨基酸分子脱去一个水分子．当同种氨基酸脱水，生成2种二肽；当是不同氨基酸脱水：可以是苯丙氨酸脱去羟基，丙氨酸脱氢；也可以丙氨酸脱羟基，苯丙氨酸脱去氢，生成2种二肽．共4种，故B错误；
C．苯的同系物是含一个苯环，组成相差CH2的物质，选项中分子含有三个苯环，故C错误；
D．三硝酸甘油酯是甘油和3分子硝酸通过酸脱氢，醇脱羟基得到的物质分子式为C3H5N3O9，故D正确．
故选D．
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