商业发票金额与信用证金额不符，该怎么办？

这样是绝对不会影响结汇的。
1、信用证是可以差额议付的。只要你在议付时提交的银行单据中在总金额少2000美金就可以。但问题是这样是会产生不符点的，如果你对外商的信用背景不清楚的话，最好还是申请改证。改证费谁付你和外商协商，一般一个点50-60美金。
2、结汇时你有留底的议付单据，可以证明你是差额议付，所以不会因为你的外汇金额和发票金额不统一而影响结汇。

　　这样是不会影响结汇的。
　　1、信用证是可以差额议付的。只要你在议付时提交的银行单据中在总金额减去或加上商业发票金额与信用证金额的差值就可以。但问题是这样是会产生不符点的，因此在客户信用度比较高的情况下适用。如果你对客户的信用背景不清楚的话，最好还是申请改证，改证费谁付可以和客户协商；
　　2、结汇时你有留底的议付单据，可以证明你是差额议付，所以不会因为你的外汇金额和发票金额不统一而影响结汇。

首先你要看信用证是否允许分批发货，如果允许，你可以按照实际发货金额和数量制作发票和其他单据。如果不允许分批，就很麻烦了，开证行可能会拒绝付款，这需要你事先与开证人（买方）协商，看看买方是否接受部分货物，如果买方不接受，那就更麻烦了，你有可能无法收回货款。
如果货物还没有装船，则应该暂停发货，必须先与买方协商，要求对方修改信用证的数量和金额，或者修改为允许分批发货。

如果信用证允许分批装运，你可以当做部分发运，剩下的等到信用证自然过期就结束了。
信用证开证时也有可能会有溢短装，如果在允许范围内也不会构成不符点。
主要还是在于客户，对方付款了，就可以正常收汇，不影响结汇的

改证也需要交费用呢，如果客户同意了，就只要不符点费用就可以了。