A、蛋白质工程指以蛋白质的结构规律及其与生物功能的关系作为基础，通过基因修饰或基因合成，对现有蛋白质进行基因改造，或制造一种新的蛋白质，以满足人类的生产和生活的需要，故A正确；
B、蛋白质工程中要基因水平进行基因修饰或基因合成，而不能对蛋白质分子直接操作，故B错误；
C、蛋白质工程中，改造过的基因控制合成的蛋白质是自然界中不存在的新型蛋白质分子，故C正确；
D、蛋白质工程最终还是回到基因工程上来解决蛋白质的合成，因此蛋白质工程又称为第二代基因工程，故D正确．
故选B．
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