工商部门1998年的《公司登记管理若干问题的规定》有明确：企业法人的法定代表人不得成为所任职企业投资设立的有限责任公司的股东。但是该规定已经在2006年被废止，因此目前对于你所述的情况，原则上并没有法律禁止性规定，应是允许的。如果工商部门仍然做出此限制，应同其沟通解决。
A公司是一个独立的个体，B只是 A的执行者，所以 A、B可以另开立公司，这样 B就需要承担新公司的所有责任，跟 B在 A公司的角色不同
