这个问题问得有点无法回答。不是增值税发票选择，而是企业选择认定一般纳税人还是小规模纳税人。
如果你选择认定为增值税一般纳税人，直接到国税局大厅去办理，按增值税适用税率计算销项税额，按减去进项税额的余额交税。好处是你的进项税额可以抵扣，即你购买与生产经营有关的物品、对方所开具的增值税专用发票上注明的税款可以在计算税款时抵扣。不好处是如果你购进的物品对方无法给你提供增值税专用发票，你无法充分抵扣税款，因为增值税税率较高。有抵扣时，你可能交很少税，没有抵扣，你可能交税比较多。
如果你选择成为小规模纳税人，也是自己在税务大厅办理，按3%征收率计算缴税。好处是计算方法简单。不好处是不能抵扣进项税款，且与一般纳税人的企业做生意时不能直接给对方提供增值税专用发票，或到国税局按3%征收率代开，对方无法抵扣或抵扣较少，因而不愿与你做生意，限制你的发展。
你这个问题大了。需要知道你是什么类型，什么行业的纳税人，规模大小？
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