A、肽键的结构是-CO-NH-，不同的蛋白质中肽键相同，A正确；B、不同的蛋白质分子中氨基酸的序列可能相同，可能因空间结构不同使蛋白质不同，B错误；C、一条肽链中只少含有一个氨基和一个羧基，C正确；D、结构决定功能，蛋白质结构的多样性决定其功能多样性，D正确．故选：B．
