A、如果遗传物质不发生改变，生物也可能会出现变异性状，如不可遗传的变异，A错误；B、细胞分裂过程中，着丝点的分裂和细胞质的分裂都会导致染色体数目发生变化，但不属于染色体变异，B正确；C、同源染色体的非姐妹染色单体之间交叉互换会导致基因重组，C正确；D、如果某果蝇的长翅基因缺失，则说明其发生了染色体结构变异（缺失），D错误．故选：BC．
