标志基因一般是某种药物的抗性基因，如抗青霉素基因等。筛选时向培养基内加入该抗性基因抗的物质，则目的基因已注入受体细胞的细胞表达该抗性基因，不会死亡，而为注入基因的细胞则因为药物而死。
标记基因一般是某种药物的抗性基因，如卡那霉素抗性基因等，它能与目的基因一起形成重组质粒（DNA分子），筛选目的基因是否已注入受体细胞的细胞时，就向培养基内加入该抗性基因抗的物质，如在培养基内加入卡那霉素，如细胞不死亡，则说明目的基因已注入受体细胞的细胞并表达该抗性基因；如细胞死亡，则说明细胞无该药物的抗性，即末注入目的基因。
标记基因一般为抗生素基因，把有目的基因的重组质粒转入细胞中，让它在含相应抗生素的培养基上生长，有这种重组质粒的细胞才会生长。
然后再用目的基因的引物菜筛选单菌落，这样就可以把有目的基因的细胞挑出来，摇菌，提质粒就可以了。
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