你这个问题，应该是劳动合同法的一个漏洞。首先，商调一般是在计划经济时代的行为或是在事业单位之间进行的。而现在劳动合同法要求企业与员工必须解除劳动合同关系，否则会视为劳动关系存在。所以原单位要与你解除劳动关系并将档案转劳动局是规范性的操作，新单位可以向与劳动局或人才交流市场发商调函。差别就是，你以前在原单位的工作时间只能作为缴费年限，以后不会作为经济补偿金的计算年限了。
原单位表示必须将档案先调到劳动局是正确的，因为你需要到劳动局办理入（离）职手续资料的装袋和签封。商调函是计划经济产物或是在事业单位之间进行的，因为这些单位一般有档案管理权。
原单位可以不接收商调函。可以按解除劳动关系的手续办理你的辞职。
在就业证上盖章应该是你的事，因为这是你个人的证件呀。
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