一般好氧堆肥法可分为3个阶段来解说：
(1)发热阶段 堆肥初期，中温性好氧细菌和真菌，充分利用堆肥中易分解、可溶性物质(淀粉、糖类)而旺盛增殖，释放出热量，使堆肥温度逐渐上升。
(2)高温阶段 堆肥温度上升到50℃以上进入高温阶段。中温性微生物逐步被高温性微生物取代，堆肥中除剩余的或新形成的可溶性有机物继续被分解转化外，复杂有机物也开始分解，腐殖质开始形成。在50℃左右，堆肥中的微生物主要是嗜热性真菌和放线菌，温度达到60℃时，真菌几乎全部停止活动，只有嗜热放线菌和细菌活动，当温度升到70℃时，微生物大部分死亡，或进人休眠状态。高温可使有机物快速腐熟，并可杀灭病原性生物。
(3)降温腐熟保温阶段 当高温持续一段时间后，易分解或较易分解的有机物已大部分被利用，剩下难分解物质(如木质素)和新形式的腐殖质。此时微生物活动减弱，产生热量少，温度下降，中温性微生物逐渐形成优势种群。残留物质进一步被分解，腐殖质积累不断增加，堆肥进入腐熟阶段。为避免堆肥有机物矿化损失肥效，应把堆肥压紧，使造成厌氧状态。
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