这在不同样本中的确定方法是不同的，在实际工作中各种情况还是很复杂的，也需要比较多的经验来进行判断，并不是一句两句就能说清楚的。
简单说一下:
首先假设在样本中检测到明确为致病微生物的细菌，那么就可以说明这些细菌，很可能是导致疾病的微生物，比如沙门氏菌志贺氏菌，金黄色葡萄球菌等。
在无菌体液中，比如血液，骨髓，脑脊液等检测出来细菌那么也可以明确这些细菌是导致疾病的微生物。
在含有正常菌群的体表或者体腔管道内，贱厨拉菲正常菌群，并且数量比较多的细菌，那么这种细菌可能也是致病微生物。
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