微生物工程的学科基础应该是微生物学。
至于应用领域么，现在主要是在食品、制药、环境、采油、动物养殖、农药、材料、生物能源、基因工程学等各种方面。现在微生物工程的应用领域越来越广泛。不过这个行业的整体水平还有待提高。存在很多技术难题。从业人员的待遇也很低，就业情况也不是很好。如果是选专业，可以选相关专业，建议不要选择单纯的微生物专业，否则未来成问题。
首先来解释一下什么是微生物工程：微生物工程专业是我国重点发展的高新技术—生物技术的重要组成部分，该专业是通过现代工程技术手段开发并利用生物（微生物和动植物细胞等）的特殊功能，生产人们所需的物质或直接应用于工业化生产的学科体系；是将传统的发酵与现代的基因工程、细胞工程等新技术相结合并发展起来的，培养在生物工程领域从事生产技术管理、品质控制、产品开发、科学研究、工程设计等方面工作的高级工程技术人才。
因此化学工程、生物技术和生物工程等方面的基本理论和基本知识是必须的，应用就更广泛了！
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