希望我的回答对你有点用：
必须要有一套专业的超市管理软件市场上有卖，不是太贵，一般你买设备他们会送软件！
问题一：分店设置店长、电脑员、收银员（之说和钱有关的人），店长负责日常管理，不管任何钱财的事。电脑员负责从上半天班的收银员手里接收后台电脑显示的收银金额，中午、晚上各一次，每天中午电脑员把钱存入总部制定的账户，留存根以备月结，或有总部专门来收！
问题二：有了系统每一次进货都会进入库存，没有管理员密码更改不了库存数字，收银只能结账以后才会从库存数字中减去，把各个货架分给不同的理货员，丢失他们赔偿！每月盘点一次，盈余很清楚。千分之三的损耗是正常的！管理不是很严格的超市损耗一般要超过千分之五。
问题三：收银员是很关键的岗位，一位合格的收银员需要半年的时间培养各个方面的素质！收银员要对商品相当的熟悉会减少很多的损失，比如，曾经有人将奶粉拆了装进装面得袋子里过称，结果被收银员发现了，手感不一样，等等吧，培养一个优秀的收银员不容易！超市里面每丢失一样东西，收银员和店长是两倍罚款！当然超市里面必要的监控还是必须得！尤其是收银的前台！
看似再完美的制度也有缺陷，关键是以德服人，优秀的人格魅力是可以感染到每一位员工的！
你关心的流程的运作，而这流程没有标准的答案 你可以参照下家乐福等企业的流程来安排，在网上有他们的流程文档，比如说百度文库里就有，你先自己看看吧
请专业管理人才帮你打理 那么再多的烦恼都有人帮你搞定
或者可以联系管理咨询公司，他们也会根据实际情况给予方案的
毕竟涉及到管理 ，单凭那么几句话，是很难表述清楚的
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