由德国卡尔·蔡司公司生产的这种显微镜，把激光光束聚焦到生物样品的某个平面，而把该面前后的离焦光束挡掉。这种被称作“光学截面制图”的技术，可以将不同聚焦程度的图像重迭，焦深很大。系统分辨率达0.2微米。尤其是它的三维成像能力，使研究人员可以在原生物样品中“旅游”，或确定吸收荧光染色的细胞组织位置。因此可显示活细胞的相互作用，以及DNA或神经网络等细胞物体的三维结构。在对染色体进行分析时，研究人员可在一个正在分裂的细胞扫描场中观察到转变期的整个过程，然后可变焦到某一个染色体，寻找可能的缺陷和断裂。由于许多样品都很娇嫩，不能承受高能激光，所以要求荧光探测用的光电倍增管具有高灵敏度，以免荧光衰退。
这种共焦激光显微镜正用于神经学、遗传学、免疫学、病理学、生物生理学。当然也可以用于工业领域。如陶瓷和金属超精细加工，可用这种显微镜探测到材料表面0.1微米量级的微小高度起伏。
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