不会影响签证，国民健康保险与签证根本无关。签证的部门和国民健康保险根本是分开的。按照你的例子，签证部门只会考虑你回国的原因。如果你的保险里面有任何一种是健康保险的话，就可以不用交国民健康保险。但如果只是国民年金之类的养老保险的话，国民健康保险是必须交的。签证这种东西偶然性太大，建议还是把所有手续都弄全了吧，等到被拒签的时候真的是后悔都来不及了。国民健康保险和健康保险属于同一性质，大条的理解成看病用的就可以了。国民年金和厚生年金属于同一性质，就是养老金。
从几年前，入管就一直叫嚣说不交保险影响更签~不过也没见怎么严打不过我劝你医保能交还是交了吧，一切都是要看运气的，万一突然政策强化了~就卡你保险这块怎么办~~年金的话如果不打算在日本长住，无视就好了