《穿越西元3000后》讲述的是一位生活在西元2011年的少女叶冰瑶在一次学校露营时，好友卫小桔发现一个山洞中好像闪出丝丝绿光便准备去看看，但找不到男生陪同前去，叶冰瑶决定两人前去。
在到了山洞后，发现有什么转动起来了，叶冰瑶在卫小桔的尖叫中失去了意识。醒来时发现自己掉在了一个未知的地方，当即意识到自己穿越了，面前还有一位面无表情手拿着枪的神秘帅哥！
神秘人（葳斯基）将叶冰瑶当成了火星来的人形机器人，并叫属下控制她的行动，叶冰瑶在机器手中再一次失去了意识。
当她又一次醒来时，发现自己已被控制，而那位神秘帅哥正拿着电锯，准备将她的皮肤割开，以证明她是机器人。就在这时，一个很温和的博士（离博士）出现了，以要调查人为由，叫葳斯基不要贸然行动，叶冰瑶的命总算保下来了。一场跨越千年的爱恋，关于西元3000后的故事就此展开……
地球联军
姓名：叶冰瑶
发色：前期美橙黄，中期偏橘粉色，后期偏橘黄色
眸色：星空蓝
昵称：瑶瑶（卫小桔、季风之隐、离博士、葳斯基等人），叶冰瑶下士（葳斯基、季风之隐、王储），叶下士(Mico博士，季风之隐），丑八怪、丑八怪小姐（季
叶冰瑶(14张)
风之隐）。
年龄：16岁
性格：率真、天真、纯洁。
生日：12月1日
星座：射手座
喜欢的人：葳斯基
被喜欢的人：葳斯基、季风之隐
喜欢的花：紫藤花
身份：穿越前是C国H市第五中学高一学生，穿越后是葳斯基的生活秘书，两年前进入光之起源的游戏者，葳斯基未婚妻。
人物介绍：
生活在西元2011年C国H市第五中学的普通高一女生，穿越前和死党卫小桔在一起探索山洞奇怪的绿光，被绿光装置吸走后穿越到了了未来，3011年，莫名其妙的降落到了了A国军事基地，发现自己竟然裸体穿越了，被一个叫做葳斯基的上将看了个精光，葳斯基将叶冰瑶当作火星来的机器人，不但用枪指着她还想用电锯解剖，试图让她暴露机器人的身份。危急时刻，一个被称作离博士的白发帅哥前来调查她所以保住了命。后被离博士发现其具有控制时间的能力。之后与葳斯基共赴泪星采集“诸神之泪”，这期间两人的关系变得微妙起来。在庆功舞会上被合成人控制用激光枪射伤姬怜美，因此被囚禁，审问结束后被关监狱。监狱中收到“葳斯基”的来信已判定不是本人所写。一天夜里又季风之隐劫走，被要求与他合作。（季风之隐为了开启他身上的魔鬼纹章）。在此期间季风之隐告白失败。她和季风之隐一起去寻找晶片，途中意外获得红色晶片的力量，控制时间的能力被无上限扩大，打开了时空隧道，不得已被吸进了时空漩涡，在快被吸进的时候，葳斯基紧紧抓住她的手并大喊“瑶瑶，为了我，留下来”，因为“瑶瑶”二字流下了眼泪，尽管心中充满不舍，但最终还是回到了2011年。一次为了解救一个被欺负的同学而得罪了小混混，后来他们找来了一大帮人，向叶冰瑶报复，在危急时刻葳斯基及时赶到，救了叶冰瑶，被葳斯基拉到一辆车上，带其到一片樱花烂漫的美丽胜地，两人在树下接吻。葳斯基和瑶瑶解释了一切并告白，被瑶瑶接受，葳斯基在21世纪的最后一天与瑶瑶像普通人一样约会，后和葳斯基一起回到了未来。在72话被诬陷而与葳斯基受到软禁。在此期间被葳斯基当众说是自己的未婚妻，在75话在葳斯基的要求下喝了红酒睡着。76话中醒来发现葳斯基不在，担心他出事，于是准备出门帮忙。77话被人冒充，被季风之隐带回葳斯基身边，发现控制时间的能力失效了。78话再次晕倒，80话被姬怜美恶毒的语言刺激到。
姓名：葳斯基
星座：天蝎座
年龄：17岁
葳斯基(10张)
（官方认证）
生日：11月4日
英文名：windsky（风与天空）
喜欢的人：叶冰瑶
喜欢他的人：叶冰瑶、许多女生
昵称：葳（离博士）、上将、恶魔、电锯狂魔（叶冰瑶）、SKY（季风之隐）、SKY哥哥（姬怜美），windsky(季风之隐，精英军校学员们）
性格：冷酷、不苟言笑、高傲、从不把任何人放在眼里、温柔（在与叶冰瑶一起的时候会有难得的温柔一面，对其他人基本看不出）、略有杰克苏倾向
眸色：血色红
身份：A国上将，恶魔之子，首席空战员，叶冰瑶未婚夫（见72话）
人物介绍：葳斯基的父母早年去世（71话所说）、千年后的人类使用记忆输入的方法辅助学习，所以12、3岁就能完成大学学业。13岁以上就可以发挥自己的潜能，从事自己擅长的职业了。12岁完成军事学业。13岁开始参加精英军校的特训，并开始参加地球联军的空战。（3000年代的人都是13岁就可以大学毕业）15岁时就已经成为地球联军的首席空战员。17岁就当上上将，战斗力爆表。受恩师嘱托照顾姬怜美。叶冰瑶穿越后遇见的第一个人，是一个军官，军衔为上将，有很高的气场。在他眼里什么的不重要。在授衔上将之前，是地球联军的首席空战员（授权后也是）。栗红色碎发，血红色瞳眸。开始一口咬定叶冰瑶是火星来的机器人，对其不善，经常欺负叶冰瑶，曾将叶冰瑶丢下7000米的高空，后来有些关心她，现已确认喜欢叶冰瑶。很尊重离博士。牺牲军人留下的孤儿，恩师为姬乔翰，因为两年前姬怜美被打入地球联军的火星机器人副官路邦抓走而十分痛恨火星机器人，第四话在离博士的口中得知，sky可能很早是喜欢过怜美。后相信叶冰瑶为1000年前的人类。在56话和57话中，认为姬怜美是间谍。打算审问姬怜美的同时，王储叫人来带走姬怜美，葳斯基给姬怜美几个小时的时间让她去参加王储的生日。买了许多礼物给叶冰瑶。叶冰瑶被人劫走后，去找叶冰瑶。最终两人还是错过。尾随叶冰瑶来到西元2000年的时代，在叶冰瑶陷入危机时救了叶冰瑶，用“公主抱”将叶冰瑶扔到（瑶瑶解释向老师和保安解释时，说他脑子有点毛病，就把瑶瑶扔到车上）一辆车上开走了车。现已向叶冰瑶告白“做我的女人”，并要约会一天，已被叶冰瑶答应，在当天冒雨出现在瑶瑶家中，在70话与叶冰瑶同床共枕，并与叶冰瑶约会。71话与叶冰瑶回到未来。72话中说出叶冰瑶是他的未婚妻并且一起软禁。75话为了保护叶冰瑶使她睡着，然后逃出了软禁地，拼死一战。77话接住了疲劳过多的叶冰瑶。78话为了救联军和叶冰瑶和季风之隐开启魔鬼纹章。第80话被王储问话他是怎样和季风之隐击退火星的攻击。81话中没有回答王储,看到瑶瑶哭问她怎么了,但瑶瑶没回答她.后来通过离博士知道了那失踪的四名军人是被怜美所杀。
姓名：离博士（真名不详，离博士不是真名）
初登场：第2话
星座：天秤座
年龄：19岁
生日：10月21日
发色：银白色
眸色：琥珀色
身份：联军博士、疑似一款睡眠游戏中的造物主（详见光之起源）
昵称：离（葳斯基）、离博士（叶冰瑶等基地人员） 人物介绍：性情温和，翩翩有礼的帅哥博士。长得比较女性，头发放下来会被当成女的。叶冰瑶对其好感很大。和叶冰瑶关系较好，但真名不详。银白色长发，琥珀色瞳孔。对待人很有礼貌。善解人意，温柔型美少年。厨艺很好，日后作为重要角色登场，身份应该较为特殊。房间里有一堆空白且拼不好的拼图，推测与他的个人故事及动机有关。是叶冰瑶在未来结交的关系最好的朋友。曾发明“小水滴”（监控器）洗脱叶冰瑶的罪名。在三十九话坦白一直都不喜欢姬怜美。在叶冰瑶被关到监狱时，来探望叶冰瑶，告诉叶冰瑶他相信叶冰瑶是无辜的。给了叶冰瑶永远的信任。似乎知道一切的样子，琥珀色的瞳孔一眼看不到底，如同其人十分神秘.。54话后再也没出现，76话时出现在7号堡垒，帮葳斯基修好，并启动7号堡垒。81话中，让瑶瑶去做蛋包饭，趁机告诉了葳斯基那失踪的四名军人是被怜美所杀。
姓名：季风之隐
初登场：第39话
年龄：17岁
生日：1月20日
季风之隐(4张)
星座：水瓶座
眸色：皇室璀璨金
发色：晶透曜石银
身份：B国上将，同时是A国王储的兄长（A国王储及女王都不知道），毁灭之诗的君爵，恶魔之子
昵称：阿隐（MICO）
喜欢的人：叶冰瑶
性格：桀骜不驯，潇洒，略有轻佻、傲娇。
人物介绍：银白色披肩长发金瞳的飘逸帅哥，在帕克尼的话中提到过。曾和葳斯基就读同一所军事学院。与葳斯基实力相当。于第三十九话登场，在第四十话中看到了过敏中的瑶瑶，并称她为“丑八怪”。有一只可以变成简易飞行器的类似球的万用机器人：佐卡（发明者为MICO博士，称呼季风之隐为“主人”，对他十分忠心）。与葳斯基有一赌约。（季风之隐在任何一方面超过他，葳斯基就告诉他自己的秘密）第二次逞强揭开叶冰瑶面罩后，发现她不是丑八怪时，认为是自己眼花了。用MICO发明的戒指控制瑶瑶听从他的吩咐，对此葳斯基表示不满。与葳斯基有着奇怪的默契。在授勋仪式被发现与联军王储长相十分相似。在第四十七话中被葳斯基怀疑与一个叫"毁灭之诗"的星际神秘非法组织有关。在第五十二话中得知是王储的哥哥。（至于为什么在B国不明）在监控录像中被发现是杀害璀博士的凶手。但他是被陷害的。把叶冰瑶救到毁灭之诗，让她与他合作，让她成为他的搭档，是毁灭之诗的君爵。有古印度血统。是印度河岛屿死丘大爆炸的幸存者后裔，要求叶冰瑶帮助自己打开魔鬼纹章。邀请叶冰瑶和他一起去寻找晶片。中了奎德的圈套。得到了绿色晶片，却因为sky临走时说的一句话，迟迟未开启纹章，在76话再次出现，已经萌生出启魔鬼纹章念头。抱住被击中的假叶冰瑶，77话被假的叶冰瑶偷了绿色晶片，把真的叶冰瑶带回葳斯基身边。第78话同意和葳斯基开启魔鬼纹章。第80话已和葳斯基使用魔鬼纹章的力量将火星敌人击退。
姓名：姬怜美
初登场：第7话
星座：天蝎座
年龄：17岁
表面年龄：15（因为被冰封了两年）
姬怜美(4张)
生日：11月10日
身份：火星间谍、联军司令助理
性格：腹黑，心机极深，可爱。
发色：薄荷绿
瞳色：玫瑰红，后期似桃红色
喜欢的人：葳斯基
被喜欢的人：A国王储、3013年代的粉丝
被讨厌的人：离博士
昵称：怜美小姐（3013年代大多数人）、怜美（离博士，叶冰瑶，葳斯基），姬怜美小姐（梵克上校等军官），
人物介绍：曾在第四话离博士和葳斯基交谈中出现，在第七话葳斯基的过去里出场。淡绿头发，眸色为红，左眼角下有颗泪痣，是舞蹈界最耀眼的新星，很受人们欢迎。是葳斯基在精英军校的恩师姬乔翰的女儿。其父已故。两年前，在一次战斗中被潜伏在联军基地中的葳斯基的副手火星机器人路邦俘走【另有隐情】。被葳斯基在一所火星遗弃的小型空间站中发现，发现时，被冰封在氧冰中，沉睡状态，现已苏醒。和叶冰瑶成了好朋友。称呼葳斯基为“sky哥哥”。后在庆功舞会上为救葳斯基被叶冰瑶用激光枪射伤。恢复后被葳斯基怀疑为火星间谍。72话中利用联军司令助理身份包围了葳斯基和叶冰瑶，73话利用口红发射激光把苪斯少校射杀。73、74话王储送给她一个可爱的玩偶，表面上很喜欢的样子，在暗地里却用剪刀刺玩偶并丢进垃圾桶。74话一连杀掉地球联军三元大将，身手干净利落，可确定其身份为火星间谍。在77话中暴露到指使珍妮弗（和成人06号）去抢季风之隐的晶片。第八十话，对叶冰瑶进行恶毒的语言刺激。
姓名：王储（真名不明）
初登场：第50话
年龄：不明
生日：不明
星座：不明
眸色：皇室璀璨金
发色：晶透曜石银
喜欢的人：姬怜美
人物介绍：初登场第50话，与季风之隐长得很像，52话季风之隐知道那是他的兄弟，不过他本人和女王却不知情。把本该颁给叶冰瑶的皇家玫瑰天使勋章给了姬怜美【因为他喜欢姬怜美，不过女王好像不太满意】。72话当上地球联军临时总司令，并让姬怜美担任他的助理，当叶冰瑶和葳斯基出现后，因为仍然没有洗清叶冰瑶的嫌疑，对叶冰瑶进行软禁，而且说姬怜美是无辜的，并且葳斯基为了叶冰瑶一块受到软禁，不过他本人很奇怪，葳斯基为了叶冰瑶去找她而违反军规，还问他有没有失去理智（因为王储认为葳斯基被叶冰瑶迷了心智，他一直认为叶冰瑶是对联军不利的人）。第80话疑惑葳斯基和季风之隐是怎样击退火星的攻击。后来葳斯基没说，但他不死心，告诉葳斯基会派人调查。
姓名：MICO/翡夜媞·桀月
生日：6月20日
星座：双子座
发色：浅粉色
眸色：浅紫色
身份：B国公主、联军博士，ES精英大学的天才。
擅长：制造机器
性格：豪爽奔放，大大咧咧
人物介绍：浅粉色长发，眼瞳为偏粉的淡紫瞳，刘海两边有红边白底的发卡。是联军里出类拔萃的女博士，原是B国的翡夜媞·桀月公主。后离家出走，离家出走的原因貌似与姐姐苍露曦·桀月公主的失忆有关。（有网友疑似苍露曦公主是毁灭之诗的天才少女科学家欧若拉，但是尚在待确定状态）季风之隐的“好哥们”，和季风之隐的关系非常好，因为季风之隐的要求制造了可以控制他人的戒指和食物，被季风之隐用在了叶冰瑶身上。姬怜美被射中后摧毁戒指。没有怀疑叶冰瑶的人之一。活泼可爱、大大咧咧的天才美少女 。
火星COUR组织
姓名：小鸢
发色：烟灰蓝
眸色：改造前为迷雾紫，改造后为仙踪绿
MICO/翡夜媞·桀月(2张)
身份：火星合成战士02
喜欢的人：敬梧
被喜欢的人：J· 奥吉尔、敬梧
性格：想要摆脱火星平民身份的人类少女，却被火星军队改造成了合成战士，记忆也被篡改。虽是合成人但却温柔善良，心肠柔软。
人物介绍：
曾通过火星精英人类选拔考试的女生，喜欢敬梧。现以合成战士（人机结合体）02的身份出现。第三话中被葳斯基驾驶v16射线重创。在第八话被改造成可以抵挡V16射线攻击的合成体，很对奥吉尔的口味，与敬悟的记忆已被拉海尔篡改。被J·拉海尔强行为了提取‘诸神之泪’失败而改造，寿命不超过两年。在瑶瑶被卷入时空的同时，被生命即将走到尽头的01告知记忆被改动过，之前因其重伤不醒，被奥吉尔请求生化魔女Q·朱迪思救小鸢，代价是与朱迪思高调交往3个月之后被Q·朱迪思华丽丽的甩掉，并且为延长小鸢的寿命，把自己的神袛助骨给了小鸢。听了01的遗言得知自己的记忆被篡改，还在训练时看见了奥吉尔与朱迪思有亲密动作，开始怀疑奥吉尔。
姓名：敬梧
发色：金黄色
星座：白羊座
眸色：亮橙色
喜欢的人：小鸢
人物介绍：小鸢以前的同班同学、青梅竹马，金黄色短发，亮橙色瞳孔，长得很像奥吉尔。喜欢小鸢，因为性格腼腆一直没有向小鸢告白，并且小鸢对他也有好感。为找受伤的小鸢受重伤，生死未卜。
姓名：J· 奥吉尔
右侧为奥吉尔
发色：太阳金
眸色：海岛绿
星座：双子座
喜欢的人：小鸢
身份：火星cour组织头目之一，灿金色长发，留着一条三股辫，邪魅花心，为了目标不惜一切，号称火星军界第一花花公子，已经喜欢上小鸢，火星组织里少有的放荡不羁的高官,号称"鬼影战神"。象征黑桃J，喜欢享受杀戮并不断从中寻找新的刺激。喜欢小鸢，不顾凯撒的命令而返回火星为小鸢疗伤。由此看来其实是个比较不错的人。奥吉尔请求生化魔女Q·朱迪思救小鸢，并且为延长小鸢的寿命，答应和Q·朱迪思高调交往3个月，3个月后再把自己华丽丽的甩掉(因为奥吉尔曾与朋友打赌谁追到朱迪思，赌注为一头烤乳猪)，把自己的神袛助骨给了小鸢，延长了她的寿命。
拉海尔
姓名：J·拉海尔
发色：火红色
眸色：金绿色
星座：摩羯座
人物介绍：
火星cour（人头牌）组织头目之一，火红色长发，金绿色瞳孔。邪佞无情，性格冷酷残忍，不顾02的重伤一心想提取“诸神之泪”。推测以后会成为重要敌人。在单行本1里提到，火红色长发，金绿色瞳孔使拉海尔多了一些残酷，变态和一丝捉摸不透。臣服于cour的凯撒（幕后主人）
姓名： K。凯撒：火星最大的掌控者，cour组织的领导者。
姓名：Q·朱迪思
发色：深粉红
眸色：紫罗兰
星座：天蝎座
性格：高傲，易动怒
喜欢的人：奥吉尔
身份：火星cour组织头目之一，深粉色的头发，化着很浓的妆，穿着暴露。生化魔女，对奥吉尔的羞辱怀恨在心，利用救小鸢的事让奥吉尔答应给其做三个月男朋友，然后当众甩掉他来报仇。以前以为被J.奥吉尔喜欢着，但是被当众甩掉，知道她只是J.奥吉尔和他朋友一头烤乳猪的赌注后，羞愤难当。
姓名：Q.拉结
身份：机器人傀儡师，第80话被扯入人造黑洞身亡。
姓名：Q.阿金妮
身份：机器人傀儡师，第80话被扯入人造黑洞身亡。
姓名：加诺（05）
姬怜美的发言人，是火星派来的合成人05,假装自爆后伪装成王储保镖。77话中和珍妮弗合作抢季风之隐的绿色晶片。
姓名：珍妮弗(06)
姬怜美的保镖，是火星派来的合成人06，假装自爆后伪装成联军司令保镖，有点花痴。77话中和加若合作抢季风之隐的绿色晶片。
毁灭之诗
名字：欧若拉
发色：水晶紫
生日：5月24日
星座：双子座
发明：晶片
身份：毁灭之诗的一位年仅16岁天才少女科学家，发明出一系列可以作用于反物质的新型晶片，平时很喜欢人偶，于是她用自己喜欢的人偶的形象为这些晶片制造了相应的守护程序。
名字：奎德
身份：毁灭之诗的核心领导者之一。后奎德杀死了了其他六位领导者，抢走了大部分晶片，欧若拉也从此销声匿迹。
千年前
卫小桔
姓名：卫小桔
身份：叶冰瑶的死党
发色：偏棕色
瞳色：深棕色
特点：头发上左右两边都有一个弯起来的毛发
人物介绍：提议去山洞冒险的人。开朗可爱，大大咧咧，活泼又八卦有点花痴的好姑娘。67话，在瑶瑶陷入危机时去找了老师、同学、保安......总之是能找的都找了，在看到葳斯基后，对其有好感。
姓名：洛戎川
发色、瞳色：黑色（在69话中嗜血时瞳色变为血红）
身份：瑶瑶的青梅竹马、恶魔之子
初登场于第一话，瑶瑶班上的班长，也是青梅竹马。那三次大爆炸之中幸存下来的其中一个后代，是恶魔之子。在开启后，有了嗜血的欲望。
姓名：欧雪
发色：淡紫粉
瞳色：深紫粉
身份：瑶瑶同班的美女转校生
生日：5月28日
星座：双子座
初登场于第一话，于瑶瑶全班在沙滩上游玩，于班长关系并不一般的大美女。现于第六十八话再度出场，在夜间出现在熊汇飞家中，拿得遗落在此的红色芯片。
（洛戎川和欧雪也许是3011年或其他年代的人）
姓名：熊汇飞
发色：火焰红
瞳色：翡翠绿
身份：叶冰瑶的同班同学
特点：典型的八卦狂人，只要把话放在他嘴里，说出来都有八卦的味道，有时会把话说的极具夸张性（在66话中瑶瑶降落地点就是他家，他称瑶瑶为“女飞贼”，又差点在班上播出绯闻）。
还有这些
初音岛很好看，看的我都掉眼泪了，是属于恋爱，有一点后宫的漫画
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