①玉米种子和菜豆种子的胚都是由胚芽、胚轴、胚根、子叶四个部分组成，正确．②我们吃的面粉，主要是来自于小麦种子的胚乳，错误．③菜豆种子的各结构中体积最大的是子叶，且有两片，储存营养物质，正确．④在发育过程中，种子中的胚芽只发育成茎和叶，错误．⑤胚由受精卵发育而成，是种子的主要部分，是新植物体的幼体，正确．可见C正确．故选：C
