A、曲线图表示的是二倍体动物精原细胞分裂过程中细胞内同源染色体对数的变化，CD段表示的是有丝分裂后期，此时着丝点分裂，姐妹染色单体分开，染色体数量加倍，染色体组有4个，由分裂示意图可以看出，此动物体细胞中含有6条染色体，每条染色体上都有一个DNA分子，染色体数加倍，DNA分子数也加倍，为12个，A正确；
B、FG段表示第一次减数分裂，此过程中可以发生基因重组，B正确；
C、若染色体②上有基因B，⑤的相同位点上有基因b，则其原因可能是发生了基因突变，也可能是由于染色体片段的交叉互换造成的，C错误；
D、右图表示第二次减数分裂，此时的细胞是次级精母细胞，D正确．
故选：C．
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