应该按正常征地的青苗补偿来进行补偿，但不是赔偿。因为：1、土地大约1999年被征用，闲置3年（含3年）以上的为抛荒地。2、虽然土地的所有权和使用权是征地人的，2003年农民自己在该地开垦种植，征地人并没有反对或提出什么异议，如收取租金等，这样就是说征地人默认农民在该地开垦种植，同意把该地的使用权暂时让给农民。3、按照国家“谁种谁有，谁种谁收”的政策，所以应该按正常征地的青苗补偿来进行补偿，但不是赔偿。
