A、实验一中，酶浓度低于5%时，随着酶浓度的升高，相对反应速率加快，说明酶浓度低于5%时限制反应速率的因素是酶浓度，故A错误；
B、实验二中，蔗糖浓度高于20%后，随着蔗糖浓度升高，相对反应速率不再加快，说明限制反应速率的因素是酶浓度，故B正确；
C、实验一的自变量是酶浓度，实验二的自变量是底物浓度，可见两组实验的自变量不同，所以无关变量有差异，两组的因变量相同，都是相对反应速率，故C正确；
D、当该实验在最适温度下进行时，实验温度升高5°C，酶活性会降低，相对反应速率可能降低，故D正确．
故选：A．
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