是同一个级别,都是依据少数民族自治条例设置的县级行政区域.称呼不同而已。自治旗是内蒙古自治区独有的,现在就有一个莫力达瓦达斡尔族自治旗,以斡尔族居民为主的自治旗.在其他省、自治区、直辖市，县级的少数民族自治区域都叫自治县。
语言方式不一样。
