我们的主税是在国税局，去地税开外管证的时候，他们要求我们交企业所得税

《中华人民共和国税收征收管理法》第五十一条　纳税人超过应纳税额缴纳的税款，税务机关发现后应当立即退还；纳税人自结算缴纳税款之日起三年内发现的，可以向税务机关要求退还多缴的税款并加算银行同期存款利息，税务机关及时查实后应当立即退还；涉及从国库中退库的，依照法律、行政法规有关国库管理的规定退还。

因为你的主税是在国税局，根据企业所得税法的规定，从2009年1月1日起，企业所得税的征收管理明确划分：以交纳增值税的纳税人其企业所得税在国税缴纳，以交纳营业税为主的纳税人其企业所得税在地方税务局缴纳。

不知道你是什么原因到地方税务局申请外经证，如果你以交纳增值税的同时又交纳营业税，且外经证的项目涉及地方税务局，应该也是外出经营回来后再缴纳企业所得税，而不是先预缴企业所得税再开外经证，因为外出经营必须是外出经营项目结算后，才能知道应该交纳多少所得税，即使有合同，事先也无法知晓合同的执行进度。

如果你的企业所得税在国税缴纳，企业所得税的年终汇算清缴在国税进行，那么，你现在在地方税务局缴纳的所得税肯定不能抵扣年末的税务清算，只能向地方税务局申请退税。

不可以抵扣，因为你在地税交的不可能去抵顶国税的应交所得税。应去地税办理退税手续。

那个所得税很多地税局都是要交的。我那时去肇庆也要交。
不过点数不高的。。交了吧。
到时当工程营业税金及附加核算就行了。