库存商品正常毁损其进项税额可税前抵扣，不需到税务局备案。
新《增值税人条例》第十条规定“下列项目的进项税额不得从销项税额中抵扣：
（一）用于非增值税应税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费的购进货物或者应税劳务；
（二）非正常损失的购进货物及相关的应税劳务；
（三）非正常损失的在产品、产成品所耗用的购进货物或者应税劳务；
（四）国务院财政、税务主管部门规定的纳税人自用消费品；
（五）本条第（一）项至第（四）项规定的货物的运输费用和销售免税货物的运输费用。
根据上述规定可知，库存商品正常毁损其进项税额是可以在税前抵扣的。
库存商品过期正常毁损能够抵扣，不必做增值税进项转出。所得税处理的话，建议咨询当地税务局是否需要审批。个人认为，如果是由于过了保质期报废的应属于正常损失，不需要审批。
这个属于财产损失，如果企业年财产损失在10万以下，可在税前列支，超10万需找事务所做财损的鉴证报告，将报告交所属税务局出具意见才可税前列支
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