目的基因，也称靶标基因，是指在实验中研究或操纵的特定基因。在基因克隆过程中目的基因就是要分离、纯化、克隆并转化到生物体的那个可以带来预期表型性状如抗虫或耐除草剂的基因。
通常，目的基因要么是已知供体生物基因组“文库”的一部分，要么是来自于先前未研究过的供体生物基因组。无论是哪种情况，聚合酶链式反应（PCR）技术都可以是目的基因倍增至生成构建体所需的数百万拷贝的水平。
扩展资料
根据不同的物种，将目的基因转化到受体细胞的方法不一样。转基因植物的转化方法有：农杆菌转化法、花粉管通道法 、基因枪转化法、茎尖转化法 、叶绿体转化法、碳化硅纤维介导法 、真空渗入法等 。
转基因动物常用的转化方法有：体细胞核移植技术、慢病毒载体法、转座子介导的基因转移法、RNAi 介导的基因敲除法、基因打靶技术和诱导性多潜能干细胞法等。
目的基因被成功地转化并整合到受体细胞本身不能保证基因在新的遗传环境中能得到准确的表达。必须进行测试以确定是否存在表达，如果表达顺利实现了。显然，在实际应用中，只有那些以足够高的水平表达目的基因的转基因生物才是有意义的。
如果转基因后代分离比例不符合孟德尔遗传规律，转入的外源基因有可能干扰了内源基因的表达。另一个原因是在受体基因组中的不同位点整合了两个或更多个转基因拷贝。这些都要进行育种试验确认。
把需要研究的基因称为目的基因。（一般把需要分析的基因称靶基因，在基因克隆过程中有时两者均称为插入基因，有时三者含义相近。所以有时有些书本上也笼统的称“用限制性核酸内切酶切割目的基因（靶基因）”）
导入载体，并希望其表达出想要的性状的基因
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