这两个清华所属院系是以学科来命名的。计算机科学与技术是一级学科包括计算机硬件、软件与应用的基本理论、基本知识和基本技能与方法。下设三个二级学科：计算机系统结构、计算机软件与理论、计算机应用技术。所以是学科上的区别，一个是“父”一个是“子”！
主要区别在于软件学院主要是软件方向，计算机系主要是硬件方向
其官方网站如下
http://www.thss.tsinghua.edu.cn/
http://www.cs.tsinghua.edu.cn/
计算机科学与技术 本身就是个很大专业 它有很多的分支 而软件方向的全称应该是 计算机科学与技术（软件工程）方向 后者只是计算机专业的一个分支 但是你主修软件方面的知识
区别大了
前者专业狭窄一点,主要是工程,偏应用.
后者专业类很大,方向很多,适合深造出国
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