个人观点：软件的运行与CPU和内存有关，打开“任务管理器”的“进程”，就会看到某个程序占用的CPU和内存，如果两个程序占用的内存和CPU没有交叉（例如双核以上的CPU，MATLAB使用CPU1，AMESIM使用CPU2，内存再不是同一个的话，但内存不能人为指定，CPU可以），运行时间就与使用一台还是两台电脑无关，但一般多多少少两个程序之间会有影响，放在两台电脑里运行一般都会一天电脑运行快（当然，如果你有一台配置相当高的电脑A，两台配置不好的电脑B和C，使用A运行两个程序要比B和C分别运行一个程序还要快），具体看你电脑情况了，现在的电脑基本都是双核以及以上的CPU了，我不知道AMESIM是不是单线程程序，但matlab基本是单线程的，一个程序一个cpu就行了，内存基本会交叉。
一般，你可以先运行一个程序，例如运行matlab，打开任务管理器，看看占多大CPU和内存（主要是内存），在任务管理器的进程中找到matlab，右击-->设置优先级-->实时，看看占多大内存，AMESIM也按照此方法看看，如果太大就使用一台电脑吧，如果都不大就两个程序合用一台
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