任何有关法律的文件(合同、协议等)没有单位盖章在法律面前是不能生效的。但方面签名盖章也是。你的情况就是属于没有法律效益的。不用担心违约的事。
没有学校盖章,怎么算是三方协议呢?看来你对三方协议的概念不清楚啊,必须要个人、单位、学校三方的签字盖章才算生效的协议