《嘉泰会稽志》载:“马鞍山以形似马鞍也”,地乃以山名。据1989年发掘之仙人山、凤凰墩两个文化遗址出土文物证明,早在新石器时期已有人类活动,距今约4500年。传说马鞍山,又名晾网山,为越民渔猎之地。清康熙时,居民渐集,镇区始成,为区北部沿海贸易中心。民国二十一年(1932)建马鞍东南镇、西北镇,三十五年建马鞍乡。1985年9月,为建制镇。1992年5月,新围镇、新二乡并入,辖50个村、3个居民区,1993年有11045户、35471人。镇人民政府驻章村。