控告公安局违法办案的程序是，如果发现公安机关人员有违纪行为，可以向公安机关的纪检监察部门(或者公安机关的督察机构)举报;如果发现公安机关人员有违法犯罪行为，直接向同级检察院举报。
根据《公安机关督察条例》第九条，督察机构对群众投诉的正在发生的公安机关及其人民警察违法违纪行为，应当及时出警，按照规定给予现场处置，并将处理结果及时反馈投诉人。投诉人的投诉事项已经进入信访、行政复议或者行政诉讼程序的，督察机构应当将投诉材料移交有关部门。
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