承包人无论是对承包经营权进行互换或流转，都需要向发包方（村集体经济组织）备案，没有备案的村里不认可。协议对双方当事人产生约束力，但对村里（发包方）不产生效力，也就是你说的对村里来说，是无效合同行为。
附：《农村土地承包法》
第三十三条 承包方之间为方便耕种或者各自需要，可以对属于同一集体经济组织的土地的土地承包经营权进行互换，并向发包方备案。
第三十四条 经发包方同意，承包方可以将全部或者部分的土地承包经营权转让给本集体经济组织的其他农户，由该农户同发包方确立新的承包关系，原承包方与发包方在该土地上的承包关系即行终止。
第三十五条 土地承包经营权互换、转让的，当事人可以向登记机构申请登记。未经登记，不得对抗善意第三人。
第三十六条 承包方可以自主决定依法采取出租(转包)、入股或者其他方式向他人流转土地经营权，并向发包方备案。
为什么不承认？如果转让协议没有违反国家的法律法令，而且双方意愿的真实表示，是受到法律保护的，村委会无权干涉。造成损失可起诉村委。
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