善意取得发票被税局查，税款已经补缴，是否还能所得税扣除

善意取得虚开的增值税专用发票对应的支出能否在所得税前扣除？一个判决的出炉向传统税务处理意见发出挑战。中国属于大陆法系的成文法国家，但随着经济发展变化，现有成文法很难涵盖所有现实出现的业务适用问题，此时司法机关裁量权就显得尤为重要。

一、案情简介

2011年9月，金湖盛锦铜业有限公司（以下简称原告）从辽宁省凌源万运金属有限公司(“万运”)购废铜，2011年9月至11月，取得万运提供的27份增值税专用发票，税额合计3,095,936.62元，2011年向国税机关认证通过，并申报抵扣税款3,095,936.62元。所购废铜已在2011年全部进入生产成本，2011年结转主营业务成本17,880,058.83元，2012年结转主营业务成本331,332.95元。

2013年10月14日，辽宁省凌源市国家税务局稽查局确认27份增值税专用发票为虚开。2014年1月22日，淮安市国家税务局稽查局（以下简称被告）做出《税务处理决定书》（淮安国税稽处（2014）9号）：

1．金湖盛锦铜业有限公司补缴增值税3,095,936.62元。

2．补缴2011年度企业所得税3,312,940.63元，补缴2012年度企业所得税145,813.43元。

被告作出处理决定后，原告不服申请行政复议，2014年5月9日，淮安市国家税务局作出《税务行政复议决定书》（税复决字（2014）第1号），维持了被告作出的《税务处理决定书》。2014年5月24日，原告不服向淮安市清浦区人民法院（以下简称一审法院）提起诉讼，请求依法撤销被告作出的淮安国税稽处（2014）9号税务处理决定书。