您好，公司的做法不规范，这不影响合同的效力，也就是说，合同是有效的。公司如果扣工资或补助费，可以申请劳动仲裁。但离开公司需提前30日书面通知单位并留存证据（证明单位已收到你的通知），而且如果单位存在未及时足额支付工资（包括加班费）、或不缴社会保险等违法行为，可以以此为由提起仲裁，单位是要支付经济补偿金的。如能给出详细信息，则可作出更为周详的回答。
