如果身体好了还回原公司上班，公司留着你的证书也没什么影响。根据规定，除海事管理机构依法实施外，任何机构和个人不得以任何理由扣留或者吊销船员适任证书。如果公司扣押船员证书，船员可以向公司所在地海事管理机构反映情况，请求当地海事管理机构解决。
