为什么我农行卡在本行ATm机上取款还扣了手续费呢？

你用的是农行信用卡取现金吧？如果是借记卡取钱不会收手续费的。
根据规定:农业银行信用卡在境内本行取现，手续费为取现金额的1％，最低人民币1元；如果是境内他行取现，手续费需要额外再加2元，最低人民币3元；如果是在境外银联机构取现，手续费需要额外再加12元；如果是在境外非银行网络取现，手续费为取现金额的3％，最低3美元。

是不是跨城了，好像跨城也收手续费吧。如果感觉不对，也可能是扣除的其它费用，可以查一下对账单

可能是异地取款。

不应该，好好查一查。

农行行内异地存取款及转账手续费用：
1.个人借记卡、准贷记卡、结算存折通过本行所有渠道办理本行异地现金存取款、转账交易手续费暂不收取；
2.信用卡行内溢缴款取现、转账交易免收手续费；
3.准贷记卡行内透支取现、异地现金存款免收手续费；
4.个人自动转账、个人资金归集、个人交易资金托管等产品减免个人结算账户异地转账手续费。

若您的农行账户有不明的交易，您可先通过我行网银、掌银等渠道查询借记卡交易明细，通过交易摘要回忆是否办理过相关业务，例如我行短信通知费、银行卡年费、工本费；财付通、支付宝、网银在线（京东）、百付宝（百度钱包）等第三方快捷支付扣款。若无法通过明细判断，建议本人携带本人有效身份证件和银行卡到农行任意网点进行查询。
温馨提示：
1.若您使用的信用卡账户，建议您联系我行信用卡客服热线4006695599查询。
2.若您使用的对公账户，建议您联系开户行查询。
（作答时间：2020年7月20日，如遇业务变化请以实际为准。）