你问的应该是《鲁邦三世VS名侦探柯南 THE MOVIE》。《鲁邦三世VS名侦探柯南》是指2009年的动画特别篇,《鲁邦三世VS名侦探柯南 THE MOVIE》是2013年上映的剧场版。
之所以《鲁邦三世VS名侦探柯南 THE MOVIE》中柯南怕潜水艇,是因为在09年的动画特别篇《鲁邦三世VS名侦探柯南》最后,峰不二子在潜水艇(也许是同一艘)上面非礼(误,最起码可以算骚扰)了柯南,如下图:
估计是因为之前小兰和某个国家的公主长的一样,然后柯南去营救吧。然后那次有峰不二子他们,估计在那个潜水艇上因为这次的营救可能让柯南遇到了一些不愉快的事情吧。所以可能才会害怕的。
因为在最后结尾处峰不二子对柯南做了某些很恐怖的事,(动画中并未说明是什么事)在最新的《鲁邦三世vs名侦探柯南》中的结尾也有提出。
柯南和小兰在水中有很多次生离死别。