哲学物质范畴同自然科学的物质结构理论既有区别，又有联系。
它们的区别是:哲学的物质范畴揭示的是一切物的共性，即客观实在性，是普遍的。物质结构理论讲的物质是关于某一具体物质形态的组成成分及其结构特点。
哲学的物质观是以自然科学物质结构理论为基础的。可以说，没有自然科学物质结构理论提供的科学事实，就不会有科学的哲学物质观。古代朴素唯物主义和形而上学唯物主义都把物质看做是客观实在的，但是它们不知道或者很少知道物质的内部结构、层次和规律性，因而对物质世界的“客观实在性”的认识是粗糙的、模糊不清的。当自然科学向我们提供了关于物质内部结构，物质客体中关于分子、原子、电子和其它一系列基本粒子，以及它们之间的联系的知识时，我们就从混沌模糊的认识中摆脱出来，取得了对物质这一“客观实在”及其规律的越来越清晰、越来越具体和深刻的认识。所以，自然科学物质结构理论的发展，不断地丰富和发展了哲学物质观的内容。
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