20世纪末,经过高校管理体制的调整,中国高校形成了中央政府和省级政府两级管理,以省级政府统筹管理为主的新体制。2000年2月12日,教育部、国家计委、财政部《关于调整国务院部门(单位)所属学校管理体制和布局结构的实施意见》指出:除教育部、中国科学院、外交部、国防科工委、国家民委、公安部、安全部、海关总署、民航总局、国务院侨务办公室、体育总局、地震局等部门和单位继续管理其所属学校外,国务院其他部门和单位原则上不再直接管理学校。