《建设工程工程量清单计价规范》（GB50500-2008）规定，全部使用国有资金投资或国有资金投资为主的工程建设项目，必须采用工程量清单计价；非国有资金投资的工程建设项目，可采用工程量清单计价。
《计价规范》明确，工程量清单应由建设工程的分部分项工程项目清单、措施项目清单、其他项目清单、规费项目清单和税金项目清单组成（《计价规范》3.1.4条）。工程量清单应作为招标控制价、投标投价、计算工程量、支付工程款、调整合同价款、办理竣工结算以及工程索赔的依据。
法律法规的“应”可以理解为“必须执行”。
所以，你的问题中的“安全防护及文明施工”应属于作为“措施费用”进行计量结算，应计算在工程量清单内，除非你们的项目是由非国有资金进行投资的。
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