通常，网签合同是后于三方房屋买卖合同的，而且，网签合同是经过公示的，按我国现有法律规定及司法实践，合同效力是后合同优先于前合同，公示的合同优先于没有公示的合同，按此规则，当两份合同不一致时，在没有特别约定的情况下，是以网签合同为准的。
但如果三方房屋买卖合同上明确约定，该合同若与网签合同不一致时，以该合同为准，则双方最终需要按三方房屋买卖合同来履行。
同时，中介公司可在编制自己的三方房屋买卖合同时增加“本合同与房管部门签订的《存量房买卖合同》（网签合同）不一致时，以本合同为准”，这样可以规避网签合同与三方房屋买卖合同出现不一致时产生的争议。
各地区法院裁判不一致。
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