皿盖向上培养时，培养基蒸发的水分会凝结在皿盖上，并可能掉落到培养基表面，影响培养结果。而培养皿倒置，水分蒸发会在培养基表面均匀凝结，并且蒸发与凝结会形成平衡，不会影响培养结果。这是主要原因。其次是倒置不会在拿起时只拿起皿盖。而正置时拿培养皿，可以只把皿盖拿起来，让培养基暴露在空气中。
