国民政府迁都重庆后,1938年,国民政府军事委员会调查统计局(简称军统局)也由武汉迁重庆,先是在城内择地办公,后因受日机轰炸的影响,特别是1939年的“五三、五四”大轰炸,城区精华付之一炬,国民政府及所属各机关纷纷向郊外迁移,军统局也以“军事委员会战地服务团”的名义,在重庆西北郊歌乐山下缫丝厂附近征占民地,建立军统局乡下办事处。1941年7月,军统局本部迁至缫丝厂办公。
1941年12月太平洋战争暴发后,世界反法西斯统一战线建立。美国海军方面为收集日本的军事、气象情报,决定与军统局合作。1943年4月15日,中美双方签订关于建立“中美特种技术合作所”的协定,其主要内容为:中美两国为早日战胜共同的敌人,愿意进行有关对日作战情报的交换与心理作战宣传,以及在敌占区进行游击破坏等方面的合作。并规定对日作战一旦胜利,中美合作所即告结束。7月1日,“中美特种技术合作所”(简称“中美合作所”)正式在重庆西郊的磁器口成立,由军统局局长戴笠任主任,美国海军中校梅乐斯为副主任,下设办公室并通过办公室统率下的内勤、外勤两大部门进行情报、气象、电迅等方面的合作,同时由美方帮助军统局训练特务人员。