楼主所说的情况基本不可能存在
如果真是存在了，楼主也不要太担心
税务局错扣了税本身也通不过政府审计啊
税收征收管理有法律规定
（1）如果是因为纳税人过错少缴的：税务机关征缴的征缴期限一般是3年、特殊情况可以延长到5年、且可以征缴滞纳金；
（2）但如果是税务机关过错造成少缴的：追缴的期限是3年、且不可以征缴滞纳金。
而税务机关自己的原因造成多交税的，必然是要退税，因为税务机关是被审计机关严格审查的对象，其财务和税收进项绝对是要100%符合才行，如果多征税，审计通不过的，税务机关自己也在给自己找麻烦
很多事不是像楼主所想象，国家机关稀里糊涂就了事，事情总会有结果。
而且这种情况也无须提出复议或者诉讼，直接向省级税务机关监察处反映即可解决。
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