①萨顿运用类比推理法提出基因位于染色体上的假说，并没有采用同位素标记法，①错误；
②格里菲思肺炎双球菌体内转化实验中，没有采用同位素标记法，②错误；
③鲁宾和卡门采同位素标记法，证明光合作用释放的氧气来自水，③正确；
④卡尔文采用同位素标记法，发现光合作用过程中的碳循环途径，④正确；
⑤用于放射性同位素标记氨基酸，可用于分泌蛋白合成和运输过程的研究，⑤正确；
⑥恩格尔曼运用水绵和极细的光束证明叶绿体是进行光合作用场所，但并没有采用同位素标记法，⑥错误．
故选：C．
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