A、基因重组不一定导致种群具有频率的改变，A错误；
B、二倍体西瓜与四倍体西瓜的后代三倍体西瓜是高度不育的，所以二倍体西瓜与四倍体西瓜是两种物种，它们存在生殖隔离，B正确；
C、人工诱导多倍体最有效的方法是用秋水仙素处理萌发的种子或幼苗，抑制纺锤体的形成，使得染色体数目加倍，C正确；
D、诱变育种能提高基因突变频率，改良生物性状，但基因突变具有不定向性和低频性，育种时间不可能短，不能定向改良生物性状，D错误．
故选：BC．
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