A、探究温度对酶活性影响的实验中，温度是自变量，pH是无关变量，A错误；B、在模拟探究细胞大小与物质运输关系的实验中，正方体琼脂块的体积是自变量，运输速度是因变量，B错误；C、在探究植物生长调节剂对扦插枝条生根作用的实验中，生长调节剂的浓度时自变量，插条生根数是因变量，C正确；D、在探究酵母菌呼吸方式的实验中，氧气是自变量，酒精是因变量，D错误．故选：C．
