其实上述几个专业就目前来讲，是没有什么严格划分的，就是很多都是学科交叉来做你的课题。
微生物是最大的方向，它下面可以包括分子生物学，发酵，因为很多发酵做的都是真菌或者细菌的发酵。
生物化工专业的学生，也有很多跟微生物或发酵交叉的。
找工作的时候，一般公司会看你具体做了什么，而不是什么专业。所以具体做什么更重要。
就上述的几个方向来讲，如果只为了找工作，那做发酵会好找一点。分子生物学的话，在北京，上海这种大城市还好，但是工资不是很高。硕士一般也就3000-4000吧（税前）。
单纯为了研究的话，那毕业论文方向最好是分子生物学，这样继续深造申请国外机会多一些，考博士的话，导师看你有分子生物学基础，也会愿意招你。
个人认为，要是为了找工作，微生物和发酵会好些。和食品制药较为对口。
要是想出国，生化和分子生物更有优势。考研专业可以不好，学校也可以不好，但导师一定要选好，好的导师是你成功的一半。这是我三年研究生经历的体会。
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