学科课程的缺点包括分科过细，容易忽视学科间联系、强调知识体系，忽略学习者因素。
学科课程是将文化遗产为基础组织起来的传统的课程形态的总称。由一定数量的不同学科组成。各门学科各具固有的逻辑和系统。这种课程有悠久的历史，中国古代的六艺，古希腊的七艺，是最早的学科课程。
近代学校的学科课程是文艺复兴后逐步形成的百科全书式的课程。学科课程仍为各国学校广泛采用。正如赫尔巴特指出的，这种课程是“从易到难” 地排列教材的。它符合儿童的发展阶段的特征，而且注重科学的体系。
学科课程中是每门学科知识体系的科学安排，易于使各级学校的相同或相近学科领域的知识连接起来，使它们成为一个体系，如初中的物理、高中的物理直至大学的物理，实际上是一个逐步递进的连续系列。
学科课程易于保证所授知识与技能的完整性、连续性和严密性。同时，学科课程也给教师的教学带来方便，教师具备学科专业知识和借助课本往往就不难完成教学任务。因此，学科课程在古今中外的教育发展中一直居于显要地位。
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