尽管零基预算法和传统的预算方法相比有许多好的创新，但在实际运用中仍存在一些“瓶颈”。(1)由于一切工作从“零”做起，因此采用零基预算法编制工作量大、费用相对较高；(2)分层、排序和资金分配时，可能有主观影响，容易引起部门之间的矛盾；(3)任何单位工作项目的“轻重缓急”都是相对的，过分强调项目，可能是有关人员只注重短期利益，忽视本单位作为一个整体的长远利益。
