A、大肠杆菌和酵母菌都含有细胞壁，A错误；B、所有细胞都含有细胞膜，B错误；C、大肠杆菌是原核生物，酵母菌是真核生物，原核细胞和真核细胞共有的一种细胞器是核糖体，C错误；D、大肠杆菌是原核生物，酵母菌是真核生物，原核细胞和真核细胞最主要的区别是大肠杆菌没有核膜，D正确．故选：D．
